Tras laboriosas negociaciones con el papa Alejandro VI, la monarquía se convertirá en patrona de la Iglesia en Hispanoamérica, con lo que tal supremacía implica
Debido a las letras de la primera bula Inter caetera, la dominación de las Indias se debía considerar como una empresa eminentemente espiritual. Según el documento, los reyes católicos podían ejercer el control de los territorios encontrados si se comprometían a cumplir una actividad misional declarada por el papa. Veremos ahora cómo, pese a los vínculos ya establecidos, la Corona se impone a los deseos o a los intereses pontificios desde época temprana.
Partiendo del condominio aceptado desde el principio de la empresa, cuando Colón hizo su segundo viaje el papa Alejandro VI envió como su representante al benedictino fray Bernardo Boyl, destacado miembro del Monasterio de Monserrat, para que velara por el cumplimiento de un convenio en el cual se privilegiaba la evangelización de los infieles. La Corona aceptó de mil amores al emisario y ordenó que se le atendiera como viajero principal, pero en breve descubrió que se trataba de una incomodidad que debía remediarse. Pese a que fray Bernardo aparecía respaldado por la bula Piis fidelium, que lo investía como vicario apostólico, el aval no tardó en volverse papel mojado.
Fray Bernardo Boyl ofició la primera misa que se celebró en América. Con el almirante de rodillas y rodeado por doce sacerdotes que lo acompañaban, el 6 de enero de 1494 encabezó la primera liturgia católica de ultramar. Fue solo una fugaz demostración de acuerdo entre las dos autoridades que se establecían en medio de la solemnidad, debido a que Colón aclaró de inmediato que el benedictino y sus religiosos no podían entrometerse en sus asuntos de virrey y administrador. Como ejercía funciones que no había cedido la reina Isabel, argumentó don Cristóbal, el vicario debía someterse a su autoridad. Pero, como el fraile se empeñó en gobernar de acuerdo con sus valores, que lo obligaban a criticar algunos de los procedimientos del representante del trono, fue enviado de regreso a España pese a sus protestas y a las de su séquito.
La sede romana insistió entonces en el envío de un nuevo vicario, pero la Corona se opuso. Debido a que se estaban dando los primeros pasos en territorio misterioso y seguramente lleno de riesgos, propusieron al pontífice que concediera a los reyes españoles el derecho de presentación de todas las dignidades eclesiásticas, mientras se aclaraba el panorama. Acudían a un privilegio concedido por el papa en las vísperas del triunfo sobre los musulmanes en Granada, que implicaba la fundación de funciones religiosas que podían ser complicadas; pero, a la vez, solicitaron la concesión de los diezmos y la escogencia de los lugares en los cuales se establecerían las diócesis de las Indias. Ellos se encargarían de los gastos del traslado de los religiosos desde España hasta las nuevas posesiones, y de su ubicación en jurisdicción adecuada, sin que la Iglesia gravara sus arcas. Sugerían un ahorro y una colaboración que podían ser atractivos, pero que concluyeron en un poderío que no advirtió a tiempo la Iglesia.
En 1501, y después de laboriosas negociaciones, el papa Alejandro aceptó que la Corona se ocupara del cobro de los diezmos. En 1508, ahora durante el pontificado de Julio II, se dio a los reyes de España el derecho de presentación de las personas que debían ocupar dignidades eclesiásticas en las Indias, y la posibilidad de demarcar la jurisdicción de un obispado que se debía crear en Yucatán. Se trata, en apariencia, de concesiones específicas, de favores o cortesías puntuales, pero en realidad son el nacimiento de un poder que Roma no había aceptado hasta entonces, y que se fue afincando y generalizando en las colonias.
Por consiguiente, la monarquía se convertirá en patrona de la Iglesia en Hispanoamérica, con todo lo que tal supremacía implica. No debe extrañar que más tarde, en el siglo XIX, cuando culminan las guerras de Independencia, los gobiernos republicanos se proclamen como herederos naturales del Real Patronato Indiano sin que el papa se niegue a las pretensiones. Su validez, refrendada por Roma y por los hábitos cotidianos, se remontaba a los siglos XV y XVI.
